O cultivo de microalgas apresenta grande diversidade de aplicações. Os pigmentos extraídos de microalgas podem ser amplamente utilizados em várias indústrias, incluindo a alimentícia, farmacêutica e cosmética. As ficobiliproteínas são pigmentos fotossintéticos que capturam cerca de 50% da luz necessária para manutenção do metabolismo das cianobactérias. Uma grande vantagem na obtenção de pigmentos microbianos é que estes podem assimilar fontes de energia de baixo custo, incluindo águas residuárias, minimizando os custos de produção. Aphanothece miscroscopica Nägeli é uma cianobactéria que pertence à família Choroococcaceae e forma colônias azul-esverdeadas que mostram estruturas macroscópicas amorfas com bainhas de mucilagem abundantes, firmes e rígidas, e células elípticas adultas que medem aproximadamente 9,0-9,5 μm por 4,0-4,2 μm. A vinhaça é a principal água residuária do processo de obtenção do etanol, sendo gerada em grandes volumes durante o processamento industrial da cana-de-açúcar, em torno de 10 L por litro de etanol produzido Este efluente possui odor e coloração escura característicos, sendo altamente poluente em razão de altas concentrações de matéria orgânica e baixo pH. Neste contexto, o presente trabalho propôs a avaliação da produção de ficocianina por Aphanothece microscopica Nägeli a partir de meio padrão BG11 complementado com vinhaça de cana-de-açúcar. Os ensaios foram realizados em Frascos Erlenmeyers de 250 mL envoltos em papel alumínio com o intuito de evitar a incidência luminosa e garantir o sistema heterotrófico, contendo 10% de vinhaça adicionada ao meio padrão BG11, inóculo de 300mg L^-1, em agitador orbital a 100 rpm e 25°C. Os dados cinéticos indicaram velocidades específicas de crescimento máximas (μ_máx) de 0,141 h^-1, com tempo de geração de 4,9 horas. Além disso, foram obtidas velocidades específicas de produção de ficocianina em torno de 22,59 mg_ficocianina mg_biomassa^-1 h^-1, com rendimento de 3,2 mg_ficocianina mg_biomassa^-1 em 72 horas. Os resultados indicam a viabilidade do cultivo heterotrófico da cianobactéria Aphanothece microscopica Nägeli a partir de vinhaça para produção de ficocianina, com elevado rendimento e produção específica do pigmento por biomassa.