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As pimentas do gênero Capsicum possuem grande importância socioeconômica, sendo que a pungência, característica exclusiva do gênero, é seu principal atrativo. A caracterização molecular e identificação das distâncias genéticas entre os acessos pertencentes a bancos de germoplasma tem grande importância para identificação e seleção de indivíduos com características de interesse. O acesso à diversidade genética através de marcadores moleculares tem se mostrado eficiente nos últimos anos e, dentre os marcadores disponíveis, os microssatélites apresentam inúmeras vantagens como codominância, multialelismo, alta frequência e distribuição ao acaso no genoma, e alto nível de polimorfismo. O objetivo do estudo foi analisar a diversidade genética de 81 acessos de Capsicum spp. do Banco de Germoplasma da UFSCar através de sete marcadores microssatélites. Os acessos de Capsicum spp. compreenderam 38 C. annuum, 19 C. baccatum e 24 C. chinense. A extração de DNA foi feita a partir do tecido foliar. Os primers foram selecionados de acordo com o seu Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC, do inglês Polymorphism Information Content). Os produtos amplificados foram separados em gel de poliacrilamida 6% a 65 W por 3h. Foram encontrados um total de 17 alelos na população e os valores de PIC dos marcadores SSR variaram de 0,06 a 0,5.  O agrupamento, realizado pelo método UPGMA, indicou a formação de dois grupos principais, sendo que o primeiro se separou na formação de dois subgrupos, um com representantes de C. annuum e o outro, de C. chinense. O segundo grupo conteve apenas representantes de C. baccatum, evidenciando sua maior distância genética com relação aos demais. A estrutura populacional mostrou  com mais provável igual a três subpopulações. Os marcadores foram eficientes na distinção de espécies do Banco de Germoplasma da UFSCar, porém apresentaram pouca capacidade de detecção de variabilidade intraespecífica.

SSR, germoplasma, dissimilaridade, polimorfismo