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As espécies de pimentas do gênero Capsicum possuem grande versatilidade culinária e muitas propriedades medicinais. Nos últimos tempos tem exercido um papel fundamental no âmbito econômico, com destaque na agricultura familiar. A compreensão da variabilidade genética é de suma importância para o melhoramento genético uma vez que a combinação de informações genéticas e fenotípicas auxilia os melhoristas no desenvolvimento de novas variedades com características específicas. A técnica de marcador molecular AFLP (Amplified Fragment Legth Polymorphism), que baseia-se na amplificação de fragmentos de restrição apresenta grandes vantagens metodológicas, podendo ser citadas a sua reprodutibilidade, ausência da necessidade do conhecimento prévio da sequência de DNA e a capacidade de detectar um grande número de loci. Este trabalho teve por objetivo avaliar a divergência genética de 81 acessos de três espécies do gênero Capsicum (38 acesso deCapsicum annuum,19 acessos de Capscium baccatum e 24 acessos de Capsicum chinense) através da técnica de marcador molecular AFLP. Para isso, foram utilizadas 10 combinações de iniciadores. Os fragmentos amplificados foram separados em gel de poliacrilamida desnaturante, aplicado em cuba de eletroforese vertical, e a coloração dos géis foi realizada através da utilização de nitrato de prata. Os marcadores AFLP foram eficientes na detecção da variação genética entre os acessos de Capsicum avaliados neste estudo. As dez combinações de iniciadores de AFLP (com 3 nucleotídeos seletivos) geraram 965 fragmentos nos 81 acessos de Capsicum, 85,9% dos quais foram polimórficos (829 fragmentos), com uma média de 82,9 fragmentos polimórficos por combinação. A combinação C8 (E+ACT/M+CAG) apresentou a maior porcentagem de polimorfismo não somente de forma intraespecífica, mas também entre C. annuum, C. baccatum e C. chinense. Os resultados também mostraram que a espécie C. baccatum revelou-se como a espécie mais polimórfica. Além disso, a análise AMOVA revelou que existe uma maior variabilidade entre as espécies (90%) do que intraespecífica (10%). Os valores do coeficiente de similaridade de dados variaram de um valor baixo como 0,040 entre C596 e C597 (C.  baccatum) para alta como 0,495 entre CCA50 (C. annuum do Brasil) e CCA528 (C. baccatum da Colômbia). Todas as estimativas dos valores de PhiPT foram significativas. O valor de PhiPT entre C. annuum e C. chinense foi o menor, enquanto que o valor de PhiPT entre C. annuum e C. baccatum foi o maior. Um dendrograma baseado na matriz de distância genética dos dados AFLP foi gerado usando o algoritmo UPGMA no qual os acessos de Capsicum foram agrupados com um coeficiente de correlação de 0.9986 em três grupos (Cluster I, Cluster II e Cluster III). O cluster I continha os acessos de C. annuum, enquanto que o cluster II e III continham os acessos de C. baccatum e C. chinense respectivamente. Assim, este estudo mostra a utilidade e importância dos marcadores moleculares AFLP para a caracterização de acessos de Capsicum spp. e sua possível aplicação em outros estudos.

marcadores moleculares, AFLP, pimentas