O acúmulo de filogenias moleculares em Cactaceae tem mostrado divergências em relação aos arranjos supra genéricos propostos nos tratados de Franz Buxbaum a partir de caracteres morfológicos. São exemplos dessas incongruências os gêneros Gymnocalycium, Uebelmannia, Discocactus e Melocactus. Um novo arranjo supra genérico e uma hipótese alternativa para a sistemática de Cactaceae têm sido proposto por NYFFELER & EGGLI (2010). Entretanto, a reconstrução filogenética em táxons de divergência rápida e recente é desafiadora. Uma alternativa para superar essa dificuldade é a utilização de múltiplos loci nucleares. Por apresentarem uma taxa de evolução geralmente maior que o DNA cloroplastidial e mitocondrial de plantas, loci nucleares podem ser mais informativos em estudos filogenéticos. Além disso, a associação de uma abordagem multilocus com métodos filogenéticos de coalescência aumenta as chances da obtenção de filogenias mais robustas e acuradas. Este estudo tem como objetivo principal testar as hipóteses de classificação sistemática dos gêneros Discocactus, Gymnocalycium e Uebelmannia propostas pelo arranjo taxonômico e por filogenias moleculares recentes. Um segundo objetivo foi testar o potencial informativo dos loci nucleares, analisados nesse trabalho, em estudos filogenéticos dentro dos gêneros Melocactus e Discocactus. Foram utilizadas abordagens filogenéticas baseadas nos métodos de concatenação e de coalescência. A abordagem de concatenação mostrou Uebelmannia ocupando uma posição mais distante aos demais táxons do grupo interno; Gymnocalycium em uma posição próxima ao gênero Harrisia; Melocactus e Discocactus agrupados em um clado exclusivo. Esses resultados corroboraram a hipótese de sistemática baseada em filogenias moleculares com dados plastidiais. Por outro lado, a abordagem de coalescência não apresentou suporte entre os ramos, não permitindo um estabelecimento das relações entre os táxons. As análises de variação, por sua vez, mostraram que os loci aqui testados apresentam baixo potencial para uso em estudos filogenéticos das relações entre os gêneros Melocactus e Discocactus.