Introdução: A doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC) é uma doença progressiva relacionada à inflamação crônica das vias aéreas associada à limitação ao fluxo aéreo persistente e que leva frequentemente o paciente à períodos de exacerbação. Há atualmente grande interesse em diferenciar estes pacientes de acordo com fenótipos identificados, utilizando achado simples ou combinação de características comuns. Adicionalmente, na DPOC há concomitância de alterações sistêmicas que influenciam negativamente no prejuízo na função autonômica cardíaca. Entretanto ainda não há conhecimento se diferentes fenótipos da DPOC podem influenciar o controle autonômico cardíaco de pacientes com DPOC exacerbados. Objetivo: Verificar a influência de diferentes fenótipos da DPOC no controle autonômico cardíaco. Métodos: Foram avaliados os seguintes fenótipos: de acordo com sintomatologia e contagem de eosinófilos: 1) Escala Modificada do Medical Research Council (mMRC), sendo os grupos divididos mMRC ≤2 (GMRC1) e mMRC > 2 (GMRC2); 2) valores de eosinófilos, sendo os grupos divididos em: eosinófilos ≤300 céls/μL (GEOS1) e e eosinófilos >300 céls/μL (GEOS2). Para avaliação do controle autonômico, os intervalos R-R (iRR) foram obtidos em repouso, e a variabilidade da frequência cardíaca (VFC) foi analisada no domínio do tempo (média da frequência cardíaca - FC e dos iRR, STD RR e RMSSD), e por índices não lineares (SD1, SD2 e SD1/SD2 do plot de Poincaré, entropia amostral e aproximada). Resultados: GMRC1 apresentou maiores valores de STD RR, RMSSD, RRtri, TINN, e SD1, bem como menor valor da razão SD1/SD2 em relação ao GMRC2 (p<0,05) (STD RR: 27,1 ± 14,6 ms vs 13,6 ± 9,6 ms; RMSSD: 32,8 ± 17,9 ms vs 12,4 ± 5,9 ms; RRtri: 6,7 ± 3,5 vs 3,6 ± 1,6; TINN: 131,3 ± 65,9 ms vs 67,2 ± 37,6 ms; SD1: 23,3 ± 12,7 ms vs 8,8 ± 4,2 ms; SD1/SD2: 1,3 ± 0,4 vs 1,8 ± 0,6). Para a comparação entre GEOS1 e GEOS2, não houve diferenças significativas para VFC no domínio do tempo, frequência e índices não lineares. Conclusão: O fenótipo de menor sintomatologia apresentou maior modulação total e parassimpática em relação aos mais sintomáticos que apresentam dispneia aos moderados e leves esforços. Adicionalmente, o fenótipo de acordo com eosinófilos, não influenciou na modulação autonômica cardíaca.