A região da Chapada Diamantina abriga o Parque Nacional da Chapada Diamantina (PNCD), que apresenta um mosaico de fitofisionomias, possui uma área de grande importância ecológica e está inserido em uma das principais áreas cársticas brasileiras. Apesar da fauna subterrânea dessa região ser relativamente bem conhecida, pouco se conhece acerca da quiropterofauna que faz uso de cavernas como abrigo. Diante disso, o presente estudo teve como objetivo caracterizar a quiropterofauna subterrânea da região, ampliando as informações a respeito da distribuição espacial das espécies que fazem o uso de abrigos em cavernas, complementando os dados obtidos em projeto anterior realizado na Serra do Ramalho e, por fim, propor Áreas Importantes para a Conservação de Morcegos (AICOM’s) e/ou Sítios Importantes para a Conservação de Morcegos (SICOM’s). Para isso, foi realizada uma análise do conjunto de dados contidos na Coleção Científica de Referência de Quirópteros do Laboratório de Estudos Subterrâneos, relacionados a amostragens realizadas em onze cavernas, localizadas em municípios da região da Chapada Diamantina, ao longo de 16 anos de estudos. Dados existentes na literatura científica foram considerados como informações complementares. Nas 11 cavidades amostradas, foram registradas 14 espécies, correspondentes a três famílias e oito gêneros de morcegos neotropicais. A família Phyllostomidae foi a mais representativa, com 92,9% dos registros realizados, enquanto as famílias Vespertilionidae e cf. Molossidae apresentaram apenas 3,6%, cada uma. Dos Phyllostomidae amostrados, a subfamília Desmodontinae foi a mais abundante (cf. Diphylla ecaudata [n=1] e Desmodus rotundus[n=13]); seguida por Stenodermatinae (Vampyrodes caraccioli [n=2], Artibeus sp.1 [n=1] e Artibeus sp.2 [n=1]), Carolliinae (Carollia perspicillata [n=3]), Phyllostominae (Chrotopterus auritus [n=2] e Mimon sp. [n=1]), Lonchophyllinae (Lonchophylla cf. mordax [n=2]) e cf. Glossophaginae (n=1). Já as famílias cf. Molossidae e Vespertilionidae apresentaram, respectivamente, um e três (Histiotus sp.) espécimes. Por fim, foi realizado o registro de restos complementares (maxilas, ossos relativos aos membros anteriores e dentes) da presença de quirópteros em uma cavidade amostrada; estes, não passíveis de uma identificação mais apurada. Levantamentos de campos são necessários para superar as lacunas acerca do conhecimento das espécies, sendo assim importante a publicação dos dados obtidos, acerca da ocorrência, distribuição e ecologia populacional dos quirópteros, já que tal ação contribui para o aumento dos conhecimentos necessários para subsidiar decisões de conservação. Além disso, é necessário o estabelecimento de programas de inventários e monitoramento a longo prazo de quirópteros, bem como programas de conservação que visem a implementação de AICOM’s e/ou SICOM’s. Não só, a região da Chapada Diamantina configura-se como uma área relevante para a manutenção das populações de quirópteros, devido à presença de diversas cavidades subterrâneas que são importantes na ecologia e evolução desses mamíferos; assim como a presença dos morcegos são essenciais para a manutenção das comunidades de invertebrados nestas cavidades. Logo, destaca-se a necessidade da continuação dos trabalhos na região a fim de ampliar as informações a respeito da quiropterofauna e dos abrigos por eles utilizados.