Introdução: Crianças com Transtorno do Desenvolvimento da Coordenação (TDC) possuem um déficit na aquisição e execução de habilidades motoras, que restringe sua participação nas atividades físicas. Essas crianças podem apresentar baixa aptidão física, comprometendo o desempenho cardiorrespiratório e os ajustes cardíacos autonômicos quando comparadas a crianças com desenvolvimento típico. Sendo assim, é de extrema importância compreender melhor o controle autonômico cardíaco nos momentos de repouso, atividade aeróbica e em recuperação, com o intuito de planejar programas de intervenção de acordo com suas necessidades. Objetivo: Analisar o controle autonômico cardíaco em repouso, durante e após a atividade aeróbica, e avaliar o nível de atividade física e desempenho no teste de caminhada de seis minutos (TC6) de crianças com e sem TDC. Métodos: Realizou-se um estudo transversal com crianças de 7 a 10 anos idade, de uma escola particular da cidade de São Carlos. Os pais/responsáveis das crianças assinaram o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido (TCLE), e preencheram o questionário sociodemográfico e o Developmental Coordination Disorder Questionnaire (DCDQ), para identificação das características familiares das crianças e rastreamento de sinais indicativos de TDC, respectivamente. Após a autorização e o preenchimento completo dos questionários, as crianças foram avaliadas no ambiente escolar por meio da Movement Assessment Battery for Children – 2 (MABC-2), que avaliou o desempenho motor. Após esta avaliação foram incluídas 19 crianças com TDC no grupo experimental (GTDC) e 24 crianças típicas no grupo controle (GC). Na Universidade Federal de São Carlos foi realizada a verificação das medidas antropométricas, a avaliação do controle autonômico cardíaco, por meio do cardiofrequencimetro Polar®, modelo V800, em repouso supino (M1), repouso ortostático (M2), durante o TC6 (M3) e durante a recuperação (M4), e o preenchimento do Physical Activity Questionnaire for children (PAQ-C) para avaliação do nível de atividade física. O teste t para medidas independentes comparou os valores em média dos momentos e dos deltas entre os momentos (D1=M2-M1, D2=M3-M2 e D3=M4-M3), do PAQ-C e do TC6 para, respectivamente, comparar a Variabilidade da Frequência Cardíaca (VFC), o nível de atividade física e o desempenho no teste entre os grupos GTDC e GC, com nível de significância de p < 0,05. Resultados: Observaram-se diferenças significativas entre os grupos na atuação do controle autonômico cardíaco para os índices LFnu e HFnu durante o ajuste do repouso ortostático para o exercício físico (D2), com o GTDC exibindo valores inferiores (9,09 ±10,76) para LFnu e superiores para HFnu (-9,03±10,179)  quando comparado ao GC (18,17±15,16 para LFnu; -18,16±15,14 para HFnu). Não foram observadas diferenças significativas desempenho do TC6 e no nível de atividade física. Conclusão: As crianças do  GTDC apresentaram modulação autonômica cardíaca prejudicada durante a transição do repouso ortostático para o exercício de caminhada, pois saem do repouso com uma condição de modulação autonômica simpática maior (LFnu) e parassimpática menor (HFnu) comparada as crianças do GC. Portanto, a VFC pode ajudar na condução adequada de programas de intervenção em crianças com TDC e ainda ajudar na avaliação dos ganhos fisiologicos dessas crianças.